奥特银河大怪兽格斗合集主要围绕其宇宙运输船的四名船员展开。他们改变航程前往边境行星波利斯，却发现那里已是一片废墟。正当准备调查时，遇到了被认为已灭绝的怪兽及一名操控怪兽的神秘青年，其目的不明。