故事发生在2029年，此时X战警早已解散。作为少数幸存的变种人之一，金刚狼罗根与卡利班共同照料着年迈的X教授（查尔斯·泽维尔）。由于衰老，X教授失去了对自己超能力的控制，如果不用药物抑制，他的力量会失控，造成全球性的灾难。同时，随着时间推移，金刚狼的自愈能力也在减弱，体能和力量远不如从前。 一天，一位陌生女子找到了金刚狼，请求他护送一名叫劳拉的女孩前往加拿大边境的“伊甸园”。罗根后来发现，劳拉是通过植入自己的基因培养出来的人造变种人。而在所谓的“伊甸园”，有一群与劳拉有着相似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍，他的目标就是彻底消灭这些人造变种人。