炎刚、孟泽、辰天三位乾元超人在被指挥官陈默背叛并封印力量后，陷入前所未有的困境。面对失去力量的绝望与Y组织的步步紧逼，三人试图寻找恢复力量的希望。在研究所废墟中，他们从罗教授临终托付的加密U盘中，得知了“神骸之种”的存在，那是远古异能的本源碎片，蕴含着足以改变战局的力量。三人由此踏上寻找碎片的艰险旅程。与此同时，Y组织也在陈默的指挥下，派出坤岚、幽冥、枫影三位黑暗超人争夺碎片。随着碎片的陆续出现，一场围绕“神骸之种”的激烈争夺正式拉开序幕。在战斗中，三人逐渐发现碎片力量背后隐藏的代价与危机，而陈默与Y组织背后的真正目的也逐渐浮出水面，“净化计划”并非表面上的救赎，而是异种意识侵蚀地球的阴谋。